Szkoła posiada sztandar, który jest wprowadzany na szkolne uroczystości podczas obchodów świąt narodowych i mszy św. w intencji Patrona. Uroczystość poświęcenia sztandaru odbyła się w czasie mszy św. 4 listopada 2003 roku, w dniu imienin Patrona Szkoły w kościele św. Piotra Apostoła.

Na tle koloru papieskiego ma namalowany wizerunek stojącego Ojca Świętego z napisem "Otwórzcie drzwi Chrystusowi" oraz wyhaftowane herby - papieski i Wadowic. Rewers sztandaru to godło państwa na czerwonym tle z wyszytym złotą nicią napisem w otoku: Szkoła Podstawowa Nr 1 im. Jana Pawła II w Wadowicach.

Rada Pedagogiczna ustala skład pocztu sztandarowego spośród wzorowych uczniów szkoły. Poczet sztandarowy reprezentuje szkołę w długich granatowych pelerynach i rogatywkach wzorowanych na gimnazjalnym nakryciu głowy naszego Patrona.